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1665年、神社・神職に対しても'''神社禰宜神主法度'''（じんじゃ ねぎ かんぬ しはっと）を制定して統制を行った。
== 4代将軍 家綱の政治 ==
1651年、3代将軍 家光が死去し、子の家綱が幼少（当時は11歳）にして4代将軍になった。
同1651年、将軍が幼少なのに乗じて、軍学者の由井正雪（ゆい しょうせつ）が、幕府を転覆しようと、反乱を企てたが、事前に露見して失敗した（'''慶安の変'''）。
この事件の背景として、牢人が多いという社会問題があったので、同1651年、幕府は、'''末期養子の禁'''（まつごようしのきん）を緩和した。
:末期養子（まつごようし）とは、大名など当主が死ぬまぎわに、養子をとること。
:この末期養子を従来、幕府は認めなかったので、お家の取り潰しになることが多く、牢人の増加の原因にもなっていた。
:1651年の末期養子の緩和の結果、50歳未満の当主は末期養子をとれるようになった。
1657年、明暦の大火により、江戸の町が壊滅する。幕府は、復興のため、財政難になった。
1663年、'''武家諸法度'''を改訂した。
同1663年、'''殉死（じゅんし）を禁止'''した。（ 殉死（じゅんし）とは、主君が死んだ時に、家臣が一緒に死ぬこと。）また、主君が死んだら、家臣は前の主君の跡継ぎに仕えることを、義務化した。
翌年、一斉検地を行った。
いくつかの藩は、儒学や歴史学などを奨励した。水戸藩では藩主 徳川光圀（とくがわみつくに）らが、歴史書『大日本史』の編纂にとりかかった。岡山では池田光政、加賀藩では前田綱紀（まえだ つなのり）が、朱子学を奨励した。
== 元禄時代 ==
1680年、家綱が死去し、弟の綱吉が5代将軍になった。
綱吉は、堀田正俊（ほった まさとし）を大老にしたが、掘田は暗殺された。その後、綱吉は'''側用人'''（そばようにん）を江戸時代で初めて設置し、柳沢吉保（やなぎさわ よしやす）を側用人にした。なお、側用人の仕事内容は、将軍と老中とのあいだの連絡役。
1685年に'''生類憐みの令'''（しょうるいあわれみのれい）の発した。この生類憐みの令では、動物の保護だけでなく、（人間の）捨て子の禁止も行っている。
1684年には、近親者が死んだ時に喪に服す日数などを定める'''服忌令'''（ぷっきれい）をさだめた。
:※ なお、このような風習（近親者が死んだ時に、喪に服す風習。）を忌引（きびき）という。現代でも、「忌引」（きびき）といい、親族が死んだ時は、数日ほど学校や会社を休むのが習慣である。通学先の学校や勤務先の会社には、連絡をする必要がある。
綱吉は学問（おもに儒学）を奨励し、江戸の湯島に孔子をまつる聖堂（湯島聖堂）を建て、'''林信篤'''（はやし のぶあつ）を大学頭（だいがくのかみ）に任命した。
綱吉の時代の幕府は、財政難であった。勘定吟味役（かんじょうぎんみやく、※ のちの勘定奉行）の'''荻原重秀'''（おぎわら しげひで）は、金銀の含有率を低めた質の悪い元禄金銀（げんろく きんぎん）を発行したので、物価が上がった。
綱吉の時代の1701〜1702年に赤穂事件（あこう じけん）が起きた。
:赤穂事件（あこう じけん）とは、江戸城中で赤穂（あこう）藩主 浅野長矩（あさの ながのり）が吉良義央（きら よしなか）を斬りつけた事件。長矩は切腹になった。翌年、赤穂藩 元家老 大石良雄（おおいし よしお）が仇討ち（あだうち）として吉良の家に討ち入りし、吉良を殺害した。
1707年（宝永4年）には富士山が噴火し（宝永大噴火）、駿河・相模などが降灰の被害を受けた。
なお綱吉は1683年に武家諸法度を改訂し、第一条を「文武弓馬（きゅうば）の道、専ら（もあっぱら）相嗜む（あいたしなむ）べき事」から「文武忠孝（ちゅうこう）を励まし、礼儀を正すべき事」に改訂している。
== 正徳の治 ==
1709年に6代将軍 家宣（いえのぶ）が就任し、（儒学の）持講（じこう）の'''新井白石'''（あらい はくせき） および 側用人には間部詮房（まなべ あきふさ） を任用したが、わずか3年で家宣は死去した。
7代将軍 家継（えつぐ）は、まだ3歳の将軍で、新井白石らが政治を行った。
この時代（6代将軍・7代将軍）の政治を'''正徳の治'''（しょうとくのち）という。
白石らの政治では、まず、生類憐みの令を実質的に廃止した。
幕府の権威を高めるために、朝廷との結び付きを深め、新しい宮家の創設費用を出費した。（'''閑院宮家'''（かんいんのみやけ））
朝鮮通信使に対しては、対応を簡素化した。また、朝鮮から日本の将軍当ての国書にそれまで「日本国大君殿下」（〜たいくんでんか）とあったのを「日本国王」に改めさせた。
白石らは、「大君」は「国王」よりも低い意味をもつと考えた。（なお8代将軍 吉宗（よしむね）以降は、もとの「大君」に戻した。）
経済政策では、貨幣の品質をもとに戻した。しかし、経済は混乱した。
また、長崎貿易では、金銀の海外流出を防ぐため、貿易額を制限する'''海舶互市新例'''（かいはく ごし しんれい）を出し、年間の貿易量をオランダ船2隻（せき）で銀3000貫（かん）、中国は船30隻で銀6000貫に制限した。
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